Ανασκαφικές εργασίες στην Κνωσό έγιναν για πρώτη φορά το 1878 από τον φιλάρχαιο Ηρακλείτη έμπορο Μίνωα Καλοκαιρινό, που ανακάλυψε τμήμα της δυτικής πτέρυγας του ανακτόρου.
Η συστηματική ανασκαφική έρευνα άρχισε το Μάρτιο του 1900 από τον A. Evans, διευθυντή τότε του Μουσείου Ashmolean της Οξφόρδης. Δύο χρόνια μετά η ανασκαφή του ανακτόρου είχε ολοκληρωθεί.
Στα χρόνια που ακολούθησαν έγιναν συμπληρωματικές έρευνες που ολοκληρώθηκαν το 093-31. Μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο η Βρετανική Αρχαιολογική Σχολή συνέχισε την ανασκαφική έρευνα με σημαντικά αποτελέσματα, τόσο στο ανάκτορο όσο και στη μινωική πόλη που το περιβάλλει.
Η ανάγκη συντήρησης του ανακτόρου φάνηκε από τα πρώτα χρόνια της ανασκαφής. Τα ευπαθή υλικά κατασκευής του αποδείχθηκαν εξαιρετικά ευαίσθητα στις καιρικές συνθήκες.
Κατά την πρώτη φάση της αναστηλωτικής προσπάθειας, το 1905, ο Evans και οι συνεργάτες του περιορίστηκαν στην προστασία των ερειπίων. Μετά το 1925 όμως ο A. Evans επιχείρησε μια ριζική αποκατάσταση του μνημείου χρησιμοποιώντας σε μεγάλη κλίμακα το οπλισμένο σκυρόδεμα. Αποκαταστάθηκαν όροφοι και αρχιτεκτονικά σύνολα. Οι ξυλοδεσιές και οι μινωικοί ξύλινοι κίονες κατασκευάστηκαν από σκυρόδεμα και αποδόθηκαν χρωματικά. Οι τοιχογραφίες συμπληρώθηκαν και αντίγραφά τους τοποθετήθηκαν σε διάφορα σημεία.

Οι επεμβάσεις του Evans προκαλούν ποικίλες αντιδράσεις. Παρατηρήθηκε ότι μερικές φορές δεν είναι σαφή τα αρχαιολογικά στοιχεία στα οποία στηρίχθηκε η αποκατάσταση. Σε άλλες περιπτώσεις δεν ξεχωρίζουν τα αρχαία κατάλοιπα από τις επεμβάσεις. οι αποκαταστάσεις δεν είναι αντιστρέψιμες.
Πολλοί πάντως πιστεύουν ότι οι επεμβάσεις αυτές ήταν αναγκαίες για την προστασία του μνημείου. Επιπλέον εξάπτουν το ενδιαφέρον των επισκεπτών και τους βοηθούν να κατανοήσουν καλύτερα την αρχιτεκτονική του ανακτόρου. Αλλοι όμως θεωρούν ότι οι αποκαταστάσεις σε μεγάλο βαθμό προβάλλουν στους επισκέπτες τις ιδέες του Evans και τις κυρίαρχες αισθητικές και ιδεολογικές τάεις της εποχής του. Σήμερα πάντως η αποκατάσταση του ανακτόρου από τον Evans αποτελεί αναπόσπαστο μέρος του μνημείου και της ιστορίας του.

Μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο έγιναν εκτεταμένες εργασίες αποκατάστασης του ανακτόρου από τους διευθυντές του Μουσείου Ηρακλείου Ν. Πλάτωνα και Σ. Αλεξίου. Οι εργασίες περιορίστηκαν όμως στη συντήρηση της αρχαίας τοιχοδομίας, στη συμπλήρωση δαπέδων και στην προστασία ορισμένων χώρων με στέγαστρα. Τη δεκαετία του '90 έγιναν εργασίες συντήρησης του σκυροδέματος του Evans.

Από το 1996 και εξής άρχισε το έργο "Συντήρηση-στερέωση-ανάδειξη του ανακτόρου και του αρχαιολογικού χώρου Κνωσού".