Περίπου 200 είδη φυτών έχουν καταγραφεί στην περιοχή, από τα οποία τα 99 βρέθηκαν στα πλαίσια του προγράμματος "Life".
Η χλωρίδα της περιοχής μπορεί να χαρακτηριστεί πλούσια σε ενδημικά και σπάνια είδη. Δεκαπέντε κρητικά ενδημικά είδη αναφέρονται στην περιοχή, 7 από τα οποία βρίσκονται και στο Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων φυτών της Ελλάδος και 11 προστατεύονται από την Ελληνική και Ευρωπαϊκή νομοθεσία.
Στη νοτιο-ανατολική κυρίως παραλία του νησιού, όπου εντοπίζεται και το σημείο πρόσβασης προς το εσωτερικό του, σχηματίζονται μικροθίνες με κυρίαρχα τα απειλούμενα και προστατευόμενα είδη κενταύρεια η νανώδης και σιληνή η χυμώδης.
Το σημείο αυτό δέχεται πλήθος τουριστών από νωρίς την άνοιξη έως αργά το φθινόπωρο.
Προχωρώντας στο εσωτερικό του νησιού, το εξωτικό περιβάλλον που παρουσιάζουν οι μοναδικές αμμοθίνες είναι πραγματικά μία "ανακάλυψη" για τους επισκέπτες. Δεν είναι μόνο η ποικιλότητα και η σπανιότητα των φυτών που εντυπωσιάζουν, αλλά και οι μορφές και τα σχήματα που αποκτούν στην προσπάθειά τους να ανταπεξέλθουν στις δύσκολες οικολογικές συνθήκες της περιοχής, όπως οι δυνατοί άνεμοι και η φυσική αστέθεια των αμμοθινών. Συναντάμε υψηλές συστάδες με κέδρα, αλμυρίκια και ένα μεγάλο αριθμό από κρίνα της παραλίας, που εντυπωσιάζουν με τα άνθη τους στο τέλος του καλοκαιριού. Αλλα είδη που συμμετέχουν σ' αυτούς τους θαμνώνες είναι η ανθυλλίδα, το χαμοτριφύλλι και το θυμάρι. Αμμόφιλα είδη, όπως η θαλάσσια μηδική, το ερύγγιο, η ψάθα, η γαλατσίδα της παραλίας είναι διάσπαρτα σε όλο το νησί και συμμετέχουν στην διατήρηση των αμμοθινών. Στις αμμοθίνες βρίσκεται και ένας μικρός πληθυσμός του προστατευόμενου είδους Ipomonea imperiati.

Στις βραχώδεις ακτές που υπάρχουν περιφερικά στο νησί, φύονται είδη όπως: κρίταμο, ινούλα, κάππαρη. Στο δυτικό μέρος του νησιού, εκεί που βρίσκεται ο Φάρος και η εκκλησία της Αγίας Ειρήνης, αναπτύσσονται φρύγανα με κυρίαρχα είδη το θυμάρι, το φάγναλον, το λυχναράκι, τον απήγανο κλπ. Εδώ συναντάται, τους χειμερινούς μήνες, ανθισμένο ένα μικρό κρινάκιο απειλούμενο και προστατευόμενο είδος.
Εντονη τουριστική δραστηριότητα εντοπίζεται κυρίως στην απέναντι από το νησάκι παραλία, παρόλα αυτά όμως τα τελευταία χρόνια με τα μέτρα προστασίας που λαμβάνονται από τους υπευθύνους τοπικούς παράγοντες και την αειφόρο διαχείριση που γίνεται, να παρουσιάζεται αντιστροφή της κατάστασης και να έχουμε έντονη αναβάθμιση της βλάστησης και της χλωρίδας.
Πίσω από την αμμώδη παραλία, η φρυγανώδης βλάστηση έχει επανέλθει σε σύντομο χρονικό διάστημα σε φυσιολογικά επίπεδα. Εδώ βρίσκονται και τα περισσότερα ενδημικά, σπάνια και απειλούμενα είδη φυτών της περιοχής, όπως: η νελλεβάλια, ο αγριοπανσές, η αλκάννα, το βερμπάσκο, το βολβολούλουδο. Είναι φανερό ότι χωρίς τα μέτρα προστασίας που λαμβάνονται θα απειλούνταν άμεσα.
Αντίθετα η σχετικά απομονωμένη περιοχή του κεδροδάσους (Κεδριάς), στα νότια, έχει παραμείνει σε καλή κατάσταση αλλά δυστυχώς τα τελευταία χρόνια με την έντονη παρουσία κατασκηνωτών και με τις δραστηριότητες που αναπτύσσουν οδηγούν την περιοχή σε μη αναστρέψιμη υποβάθμιση. Παραμένουν, ευτυχώς, ακόμα πυκνές οι συστάδες των κέδρων που φύονται σε βραχώδες υπόστρωμα καλυμμένο με παχύ στρώμα άμμου.
Κοντά στην ιστορική Μονή της Χρυσοσκαλίτισσας, είναι αξιοσημείωτη η περιοχή της Ασπρης Λίμνης με την ιδιαίτερη φυσιογνωμία του φυσικού τοπίου και την ποιότητα της της παραλίας που διαθέτει. Εδώ εντοπίζονται και συστάδες με φοίνικες. Η περιοχή της Χρυσοσκαλίτισσας χαρακτηρίζεται και από πλούσια βραχώδη χλωρίδα με πολλά σπάνια και ενδημικά είδη.
Στην ευρύτερη θαλάσσια περιοχή, και μέχρι το βάθος που φτάνει το φως του ήλιου (ευφωτική ζώνη), υπάρχουν διαπλάσεις ή "λιβάδια" με το φυτό ποσειδώνια, το οποίο συναντάται μόνο στη Μεσόγειο. Η ύπαρξη των ποσειδωνιών αποτελεί ένδειξη καθαρής θάλασσας και καταφύγιο πολλών ψαριών.